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임상역학연구과

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연구목표 및 분야

연구목표

  • 암 관련 임상 중개 연구를 위한 생물학적 지표 연구
  • 암 관련 생체 지표 및 생활습관, 환경 상호 작용에 관한 연구

임상중개 연구 - 암관련 새로운 유전자 발굴, 암의 생존 및 예후인자 규명, 종양-전이 미세환경 모델을 이용한 치료, 최신 기법을 활용한 유세포 분석

연구내용

암의 생존 및 예후인자 규명 연구 (김미경)
HPV 감염자의 지속감염, 자궁경부상피내종양으로 이행에 관련된 유전인자 및 환경인자 규명
숙주의 유전적 요인: 자궁내 Microbiome Analysis
대사증후군과 영양(식사패턴)과의 관련성
HPV 감염자의 지속감염, 자궁경부상피내종양으로 이행에 관련된 유전인자 및 환경인자 규명, Our hypothesis cervical carcinogenesis 유전적 감수성(HPV 감염 15% 자연소실→HPV 지속감염(2~3년) 10%→자궁경부 상피내종양(10년) 2~5%→자궁경부암), 환경 위험 요인(HPV Infection, Environment factors, Cervical microbiome, DNA methylations)

숙주의 유전적 요인 : 자궁 내 MICROBIOME ANALYSIS

SMALL SCALED - AND TIME SERIAL ANALYSIS OF CERVICAL MICROBIOME

대사증후군과 영양(식사패턴)과의 관련성
종양-전이 미세환경 모델을 이용한 치료 표적 발굴 (공선영)
암-골세포 배양 플랫폼 구축을 통한 미세환경 내 암표적 후보 물질 발굴
항암후보물질 및 감수성 물질 검증
유방암 세포주와 골세포 (파골세포, 조골세포) 배양을 이용한 유방암-골전이 모델 수립
암-골세포 동시 배양 후보 표적 유전자 발굴 및 검증
유방암-골전이 마우스 모델을 이용한 표적 검증
암의 골전이 환자 검체에서 전이 표지자 검증
대용량 검색을 통한 항암 후보물질 발굴 및 검증, 유방암-골세포 배양모델을 이용한 표적 발굴 및 검증, 암의 골전이 환자 검체를 이용한 전이 표지자 검증 -종양 골전이 미세 환경 내 암표적 후보물질 발굴/ 1세부 항암후보물질 및 감수성 물질 검증- 암-골세포 및 골세포 생존 저해 물질 농도별 반응 확인- 관찰된 후보물질의 성상확인- 후보물질을 검증된 증감 유전자를   이용하여 증감 확인- 후보물질 이용하여 마우스 모델 에서 평가- 마우스 모델에서 세포 및 조직 획득  후 표적자의 증감 확인, 2세부 도출된 표적의 환자검체를 이용한 검증- 유방암-파골세포-조골세포 동시 배양 조건 수립- 암-골세포 동시 배양 암세포에서 후보 표적 유전자 검증- 암-골세포 동시 배양 시 발굴되는후보 표적 유전자 발굴 및 검증- 후보 표적 유전자를 환자 검체에서 검증, 3세부 암의 골전이 환자 검체에서 전이 표지자 검증- 암의 골전이 치료 수술 환자의 임상 자료 및 전이 조직 수립- 마우스 암-골전이 모델에서 시기별 표지자 변화 검색 및 검증- 암의 골전이 환자 검체에서 마우스 모델에서 도출되는 표적 유전자, 단백질 발현의 증감 평가- 유방암-골전이 마우스 모델을 이용해 1,2세부에서 도출된 저해제 및 표적 검증
암 관련 유전적 변화에 따른 특정 유전자 발굴(김영호)
암의 NGS 데이터 분석
· Genome
· Transcriptome
· Epigenome
암의 생물학적 기능 분석
· 다양한 프로그램을 이용한 생물학적 분류 및 기능 분석
암 관련 새로운 유전자 규명
· NGS를 기반으로 한 암 관련 새로운 유전자의 발굴 및 기능 연구
· 발굴된 새로운 유전자와 암과의 관계 규명
Sample Preparation DNA(RNA, Small RNA, BCA libraries) - Library Preparation(Target enrichment, Sample indexing) - Sequence generation - Primary Data analysis(Image Processing, Signal processing) - Application SpecificAnalysis(SNVs calling, Structural variation, Read counting) - Secondary data analysis(Assembly, Mapping), Genome(Targeted resequencing, Whole exome resequencing, Metagenomics and microbial  driversity, De novo sequencing, Whole genome resequencing) -Transcriptome( Gene exprssion profiling, Small RNA analysis, Whole transcriptome analysis) -Epigenome( ChIP-Seq(chromatin immunopre-cipitation sequencing), Methylation analysis)
유세포분석 시스템을 활용한 암연구의 지원 활성화(김태식)
유세포분리기(FACS Aria)를 활용하여 특정항원이 발현되는 세포의 고순도 분리
유세포분리기(FACS Aria)의 UV-Laser를 활용하여 side population detection 및 분리
유세포분석기(FACS Calibur/Verse)를 활용하여 세포막 및 세포내부의 특정 항원의 발현확인
암세포의 세포주기, 세포사멸 등에 관련한 분석
세포내 칼슘이온, 활성산소 측정 등의 세포기능 분석
유세포분석기(Flow Cytometry Analyzer) 구축현황
FACSCalibur 2-Laser 4-color- 488mm excitation : FITC, PE, PE-Cy5- 633mm excitation : APC- Maximum 4-color anlysis, FACSVerse 3-Laser 8-color- 488mm excitation : FITC, PE, PE-Cy5, PE-Cy7- 633mm excitation : APC, APC-Cy7- 405mm exciation : V450, V500 - Maximum 4-color anlysis FACSCalibur 관련정보 FACSVerse 관련정보
유세포분석기(Flow Cytometry with Sorter) 구축현황
FACSAria I2-Laser 7-color- 488mm excitation : FITC, PE, PE-TexasRed,  PE-Cy5, PE-Cy7- 633mm excitation : APC,APC-Cy7- Short device : 5ml, 15ml, well-plate(Falcon 6,12,  24,48,96,384) & slide- Sort population : maximum 4-way sort, FACSAria II SORP3-Laser 11-color- 488mm excitation : FITC, PE, PE-TexasRed,  PE-Cy5, PE-Cy7- 633mm excitation : APC, APC-Cy7, Alexa700- 350mm excitation : Hoechst, DAPI, Indo-1- Sort device : 5ml, 15ml, well-plete(Falcon 6,12,  24,48,96,384) & slide- Sort population : maximum 4-way sort- Available SP(slide population) sort : Cancer Stem cell FACSAria 관련정보
유세포분석 시스템의 활용
유세포분리기 (Flow Cytometry with Sorter) 활용
Specific antigen expressed cell sorting, Slide population cell sorting
유세포분석기(Flow Cytometry analyzer)활용
Proliferation Assay, Cell Cycle, ROS level, Mitochondria Potential, Cell-Membrane Antigen Expression, Apoptosis, Calcium Ion Oscillation
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