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유전체분석팀
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![핵산 추출, DNA 분석, RNA 발현 분석, STR analysis and Cell test](/images/sub/sub02/img_03_1.jpg)
핵산추출 (DNA & RNA Extraction, QC)
유전정보를 지닌 다양한 생체 시료로부터 핵산을 추출그림 설명 - 혈액(전혈,연막), 동결조직, 파라핀포매 조직, 액세생검 시료 등의 다양한 형태의 검체로부터 MagNAPure24 등의 자동화장비를 이용하여 핵산을 추출하고, Qiacube 등의 장비를 사용하여 RNA를 추출한 후에, BioAnalyzer를 통해 품질 확인을 함
DNA 분석 (DNA Analysis)
다양한 분자생물학적 기법을 사용하여 DNA로부터 mutation, SNP, MSI 등을 분석그림 설명 - 추출된 DNA를 사용하여 MassArray system, 혹은 염기서열분석기를 통해 돌연변이를 분석하여 electropherogram(전기영동도) 등의 이미지 결과를 얻음
RNA 발현 분석 (RNA Profiling Analysis)
RNA로부터 유전자 발현 패턴을 분석그림 설명 - 추출된 RNA를 사용하여 유전자발현패턴을 분석하는데, 일반적인 qPCR 뿐만 아니라 nCounter nanostring 장비를 활용하여 발현분석을 하고 heatmap과 같은 시각화자료를 생산함
STR analysis and Cell test
세포 혹은 환자 시료의 ID 확인 및 시료 간 오염 확인그림 설명 - Short Tandem Repeat(짧은 연쇄 반복) 분석을 통해, 대조군 시료와 테스트 시료의 일치 여부를 확인하거나, 환자시료의 ID를 확인할 수 있는데, 마커별로 특정 사이즈에서 감지되는 피크를 통해 ID를 확인함
![Nucleic Acid Extraction, Quality Check, DNA Sanger Sequencing, Fragment Analysis (STR, MSI), Mycoplasma, Virus test, Quantitative Real time PCR, Project based support](/images/sub/sub02/img_03_2.jpg)
Nucleic Acid Extraction, Quality Check
Whole blood, Buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissue로부터 핵산(DNA/RNA) 추출
분석기기 : QIAcube / Maxwell 16 / MagNAPure 24
BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Tecan200 pro / Tissue Lyser II
DNA Sanger Sequencing
Sanger sequencing 기법으로 PCR / product, plasmid DNA 염기서열분석
분석기기 : DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 / GeneAmp PCR System 9700
Fragment Analysis (STR, MSI)
Sanger sequencing 기법으로 PCR / STR 분석을 통한 Sample Identification
- Human cell line → reference profile과 비교 가능 - Human Patient sample → 둘 이상의 sample에서 상호비교 - Mouse sample → 둘 이상의 sample에서 상호비교5가지 MSI marker (BAT25,BAT26, NR-21,NR-24, MONO-27) 분석
분석기기 : DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 / GeneAmp PCR System 9700
Mycoplasma, Virus test
Mycoplasma detection / MHV virus, Sendai virus detection
분석기기 : QIAcube / Gel Electrophoresis / GeneAmp PCR System 9700
Quantitative Real time PCR
Gene expression analysis
분석기기 : Light Cycler 480 II, Light Cycler 96
Project based support
Gene expression, CNV analysis, Mutation detection, SNP analysis,
DNA methylation 등 유전체관련실험 지원 (실험상담 및 협의 후 진행가능 여부 결정)분석기기 : Nanostring nCounter System / MassArray System
Quantstudio 7flex / GeneAmp PCR System 9700
연락처
담당자 : 황정아, hjungah@ncc.re.kr, 031-920-2562
- Nucleic Acid Extraction
- DNA Sanger Sequencing
- Fragment
Analysis - Mycoplasma,
Virus test - Quantitative Real time PCR
- Project based support
DNA Extraction/ QC
- High quality genomic DNA extraction
- whole blood, buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues - Magnetic bead-based automatic extraction
- Obsorbance or fluorescence measurement
- Automatic gel electrophoresis (cfDNA)
RNA Extraction/ QC
- High quality total RNA extraction
- fresh buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues - Column-based extraction
- Obsorbance measurement, automatic gel electrophoresis
보유 장비
- Extraction : Maxwell 16 / MagNAPure 24 / Qiacube
- QC : BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Infinite 200 pro / Qubit 4 Fluorometer
- Tissue Lysis : Tissue Lyser II/ Thermomixer C
- Label : Brady label printer
최종 수정일 : 2019.08.16
![](images/sub/sub02/core_img04.jpg)
DNA Sanger Sequencing
- PCR Product sequencing
- Plasmid DNA sequencing
(Universal primer 제공:M13F, M13R, T3, T7, SP6) - Raw data / Alignment data 제공
보유 장비
- DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500
- Sequencing Analysis 6 / CLC Main workbench 7
최종 수정일 : 2019.08.16
Human STR(Short Tandem Repeat) Analysis
![](images/sub/sub02/core_img06.jpg)
- 9종류의 STR marker, 성별확인 marker 분석
- 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
- Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
- Cell line의 경우 reference 비교 분석 및 unknown profile의 searching 분석
Mouse STR(Short Tandem Repeat) Analysis – In House Setting
![](images/sub/sub02/core_img07.jpg)
- 8종류의 mouse STR marker, 1종류의 human STR marker 분석
- 5가지 형광을 tagging하여 multiplexing PCR primer set 개발
- Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
- 둘 이상의 sample에서의 일치성 확인 및 최초 reference 확립
MSI (Microsatellite Instability) Analysis
- 5가지의 MSI marker 분석 및 ID 확인을 위한 2종류의 STR marker 동시 분석
- 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
- Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
- Paired tumor-normal sample에서의 MSI 분석
보유 장비
- DNA Analyzer 3730/ Genetic Analyzer 3500/ GeneAmp PCR System 9700
- Gene Mapper 5 / Gene Marker 2.7
최종 수정일 : 2019.08.16
![](images/sub/sub02/core_img10.jpg)
Mycoplasma test
- gDNA를 사용한 PCR-based test
- 60종 이상의 Mycoplasma, Acholeplasma, Spiroplasma, Ureaplasma detection 가능
- Cell culture 과정에서 가장 많이 영향을 받는 Top 8 (M. arginini, M. fermentans, M. hominis, M. hyorhinis, M. orale, M. pirum, M. salivarium, and A. laidlawii) 포함
MHV virus, Sendai virus test
![](images/sub/sub02/core_img11.jpg)
- RNA를 사용한 RT-PCR-based test
보유 장비
- GeneAmp PCR 9700/ Qiacube
최종 수정일 : 2019.08.16
Quantitative Real time PCR
- 96 plate / 384 plate type의 real time PCR 분석
- Relative quantification Analysis, Melting curve Analysis, HRM Analysis
- Taqman Assay expression / genotyping 분석
보유 장비
- LC480 II / LC96
최종 수정일 : 2019.08.16
Gene expression, CNV analysis
- Hybridization 방식을 사용하여 gene expression 및 CNV 분석
- 한 번에 800개의 target gene 분석
- nSolver program으로 pathway 상에서의 발현 변화 분석
- FFPE tissue를 사용한 분석에 유리
보유 장비
DNA methylation analysis, Mutation detection, SNP Analysis
- MALDI-TOF 방식을 사용한 DNA fragment 분석 시스템
- DNA methylation의 정량 분석
- Multiplexing PCR을 통해 SNP 분석 및 mutation 분석
보유 장비
그 외 보유 장비
최종 수정일 : 2019.08.16
이용절차
문의
- 황정아 031-920-2562 hjungah@ncc.re.kr
최종 수정일 : 2019.08.16