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유전체분석팀

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분자유전 및 유전체분석기술을 이용한 유전체 분야의 실험 및 분석 지원

  • 최상의 핵산(DNA, RNA) 추출
  • DNA Sequencing (Sanger Sequencing)
  • Gene Expression, CNV Analysis, Mutation detection, SNP Analysis,
    DNA Methylation Analysis 등의 Project 기반 연구지원
  • STR 분석을 통한 ID 확인
  • MSI 분석
  • Cell test(mycoplasma, MHV virus, Sendai virus detection)

유전체분석팀:DNA/RNA Extraction, ID QC(STR)/ cell QC(Mycoplasma), Gene Expression, Mutation Detection, CNV/DNA methylation/MSI Analysis

최종 수정일 : 2019.08.16

연구지원 안내

유전체분석팀 연구지원 안내
연구지원 내역 소개 분석기기
· Whole blood, Buffy coat, cultured cell,
  frozen tissue, FFPE tissue로부터 핵산
  (DNA/RNA) 추출		 · QIAcube / Maxwell 16 / MagNAPure 24
· BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Tecan200
  pro
· Tissue Lyser II
· Sanger sequencing 기법으로 PCR
  product, plasmid DNA 염기서열분석		 · DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer
  3500
· GeneAmp PCR System 9700
· STR 분석을 통한 Sample Identification
- Human cell line => reference profile과
  비교 가능
- Human Patient sample => 둘 이상의
  sample에서 상호비교
- Mouse sample => 둘 이상의 sample에서
  상호비교
· 5가지 MSI marker (BAT25,BAT26, NR-21,
  NR-24,MONO-27) 분석		 · DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer
  3500
· GeneAmp PCR System 9700
· Mycoplasma detection
· MHV virus, Sendai virus detection 		· QIAcube
· Gel Electrophoresis
· GeneAmp PCR System 9700
· Gene expression analysis · LightCycler 480 II, Light Cycler 96
· Gene expression, CNV analysis, Mutation
  detection, SNP analysis, DNA methylation
  등 유전체관련실험 지원 (실험상담 및 협의
  후 진행가능 여부 결정)		 · Nanostring nCounter System
· MassArray System
· Quantstudio 7flex
· GeneAmp PCR System 9700

최종 수정일 : 2019.08.16

  • Nucleic Acid Extraction
  • DNA Sanger Sequencing
  • Fragment
    Analysis
  • Mycoplasma,
    Virus test
  • Quantitative Real time PCR
  • Project based support

DNA Extraction/ QC

  • High quality genomic DNA extraction
    - whole blood, buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues
  • Magnetic bead-based automatic extraction
  • Obsorbance or fluorescence measurement
  • Automatic gel electrophoresis (cfDNA)

RNA Extraction/ QC

  • High quality total RNA extraction
    - fresh buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues
  • Column-based extraction
  • Obsorbance measurement, automatic gel electrophoresis

보유 장비

  • Extraction : Maxwell 16 / MagNAPure 24 / Qiacube
  • QC : BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Infinite 200 pro / Qubit 4 Fluorometer
  • Tissue Lysis : Tissue Lyser II/ Thermomixer C
  • Label : Brady label printer

최종 수정일 : 2019.08.16

DNA Sanger Sequencing

  • PCR Product sequencing
  • Plasmid DNA sequencing
    (Universal primer 제공:M13F, M13R, T3, T7, SP6)
  • Raw data / Alignment data 제공




보유 장비

  • DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500
  • Sequencing Analysis 6 / CLC Main workbench 7

최종 수정일 : 2019.08.16

Human STR(Short Tandem Repeat) Analysis

  • 9종류의 STR marker, 성별확인 marker 분석
  • 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
  • Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
  • Cell line의 경우 reference 비교 분석 및 unknown profile의 searching 분석






Mouse STR(Short Tandem Repeat) Analysis – In House Setting

  • 8종류의 mouse STR marker, 1종류의 human STR marker 분석
  • 5가지 형광을 tagging하여 multiplexing PCR primer set 개발
  • Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
  • 둘 이상의 sample에서의 일치성 확인 및 최초 reference 확립







MSI (Microsatellite Instability) Analysis

  • 5가지의 MSI marker 분석 및 ID 확인을 위한 2종류의 STR marker 동시 분석
  • 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
  • Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
  • Paired tumor-normal sample에서의 MSI 분석

보유 장비

  • DNA Analyzer 3730/ Genetic Analyzer 3500/ GeneAmp PCR System 9700
  • Gene Mapper 5 / Gene Marker 2.7

최종 수정일 : 2019.08.16

Mycoplasma test

  • gDNA를 사용한 PCR-based test
  • 60종 이상의 Mycoplasma, Acholeplasma, Spiroplasma, Ureaplasma detection 가능
  • Cell culture 과정에서 가장 많이 영향을 받는 Top 8 (M. arginini, M. fermentans, M. hominis, M. hyorhinis, M. orale, M. pirum, M. salivarium, and A. laidlawii) 포함


MHV virus, Sendai virus test

  • RNA를 사용한 RT-PCR-based test










보유 장비

  • GeneAmp PCR 9700/ Qiacube

최종 수정일 : 2019.08.16

Quantitative Real time PCR

  • 96 plate / 384 plate type의 real time PCR 분석
  • Relative quantification Analysis, Melting curve Analysis, HRM Analysis
  • Taqman Assay expression / genotyping 분석

보유 장비

  • LC480 II / LC96

최종 수정일 : 2019.08.16

Gene expression, CNV analysis

  • Hybridization 방식을 사용하여 gene expression 및 CNV 분석
  • 한 번에 800개의 target gene 분석
  • nSolver program으로 pathway 상에서의 발현 변화 분석
  • FFPE tissue를 사용한 분석에 유리

보유 장비

DNA methylation analysis, Mutation detection, SNP Analysis

  • MALDI-TOF 방식을 사용한 DNA fragment 분석 시스템
  • DNA methylation의 정량 분석
  • Multiplexing PCR을 통해 SNP 분석 및 mutation 분석

보유 장비

그 외 보유 장비

최종 수정일 : 2019.08.16

이용절차

이용상담- 이용상담,접수- 분석의뢰- 분석 시료 접수,시료검수- 분석의뢰번호 부여,분석진행,분석완료- 분석결과 정리- 분석확인서 전달,결과토의- 청구서 발행(1회/월)

문의

  • 황정아   031-920-2562   hjungah@ncc.re.kr

최종 수정일 : 2019.08.16