핵산 추출, DNA 분석, RNA 발현 분석, STR analysis and Cell test

핵산추출 (DNA & RNA Extraction, QC)

유전정보를 지닌 다양한 생체 시료로부터 핵산을 추출

그림 설명 - 혈액(전혈,연막), 동결조직, 파라핀포매 조직, 액세생검 시료 등의 다양한 형태의 검체로부터 MagNAPure24 등의 자동화장비를 이용하여 핵산을 추출하고, Qiacube 등의 장비를 사용하여 RNA를 추출한 후에, BioAnalyzer를 통해 품질 확인을 함

DNA 분석 (DNA Analysis)

다양한 분자생물학적 기법을 사용하여 DNA로부터 mutation, SNP, MSI 등을 분석

그림 설명 - 추출된 DNA를 사용하여 MassArray system, 혹은 염기서열분석기를 통해 돌연변이를 분석하여 electropherogram(전기영동도) 등의 이미지 결과를 얻음

RNA 발현 분석 (RNA Profiling Analysis)

RNA로부터 유전자 발현 패턴을 분석

그림 설명 - 추출된 RNA를 사용하여 유전자발현패턴을 분석하는데, 일반적인 qPCR 뿐만 아니라 nCounter nanostring 장비를 활용하여 발현분석을 하고 heatmap과 같은 시각화자료를 생산함

STR analysis and Cell test

세포 혹은 환자 시료의 ID 확인 및 시료 간 오염 확인

그림 설명 - Short Tandem Repeat(짧은 연쇄 반복) 분석을 통해, 대조군 시료와 테스트 시료의 일치 여부를 확인하거나, 환자시료의 ID를 확인할 수 있는데, 마커별로 특정 사이즈에서 감지되는 피크를 통해 ID를 확인함

연구진 소개
이름	주요 연구분야
김동영

Nucleic Acid Extraction, Quality Check

Whole blood, Buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissue로부터 핵산(DNA/RNA) 추출

분석기기 : QIAcube / Maxwell 16 / MagNAPure 24
BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Tecan200 pro / Tissue Lyser II

DNA Sanger Sequencing

Sanger sequencing 기법으로 PCR / product, plasmid DNA 염기서열분석

분석기기 : DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 / GeneAmp PCR System 9700

Fragment Analysis (STR, MSI)

Sanger sequencing 기법으로 PCR / STR 분석을 통한 Sample Identification

- Human cell line → reference profile과 비교 가능 - Human Patient sample → 둘 이상의 sample에서 상호비교 - Mouse sample → 둘 이상의 sample에서 상호비교

5가지 MSI marker (BAT25,BAT26, NR-21,NR-24, MONO-27) 분석

분석기기 : DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 / GeneAmp PCR System 9700

Mycoplasma, Virus test

Mycoplasma detection / MHV virus, Sendai virus detection

분석기기 : QIAcube / Gel Electrophoresis / GeneAmp PCR System 9700

Quantitative Real time PCR

Gene expression analysis

분석기기 : Light Cycler 480 II, Light Cycler 96

Project based support

Gene expression, CNV analysis, Mutation detection, SNP analysis,

DNA methylation 등 유전체관련실험 지원 (실험상담 및 협의 후 진행가능 여부 결정)

분석기기 : Nanostring nCounter System / MassArray System
Quantstudio 7flex / GeneAmp PCR System 9700

연락처

담당자 : 황정아, hjungah@ncc.re.kr, 031-920-2562

Nucleic Acid Extraction
DNA Sanger Sequencing
Fragment
Analysis
Mycoplasma,
Virus test
Quantitative Real time PCR
Project based support

DNA Extraction/ QC

High quality genomic DNA extraction
- whole blood, buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues
Magnetic bead-based automatic extraction
Obsorbance or fluorescence measurement
Automatic gel electrophoresis (cfDNA)

RNA Extraction/ QC

High quality total RNA extraction
- fresh buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues
Column-based extraction
Obsorbance measurement, automatic gel electrophoresis

보유 장비

Extraction : Maxwell 16 / MagNAPure 24 / Qiacube
QC : BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Infinite 200 pro / Qubit 4 Fluorometer
Tissue Lysis : Tissue Lyser II/ Thermomixer C
Label : Brady label printer

최종 수정일 : 2019.08.16

DNA Sanger Sequencing

PCR Product sequencing
Plasmid DNA sequencing
(Universal primer 제공:M13F, M13R, T3, T7, SP6)
Raw data / Alignment data 제공

보유 장비

DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500
Sequencing Analysis 6 / CLC Main workbench 7

최종 수정일 : 2019.08.16

Human STR(Short Tandem Repeat) Analysis

9종류의 STR marker, 성별확인 marker 분석
4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
Cell line의 경우 reference 비교 분석 및 unknown profile의 searching 분석

Mouse STR(Short Tandem Repeat) Analysis – In House Setting

8종류의 mouse STR marker, 1종류의 human STR marker 분석
5가지 형광을 tagging하여 multiplexing PCR primer set 개발
Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
둘 이상의 sample에서의 일치성 확인 및 최초 reference 확립

MSI (Microsatellite Instability) Analysis

5가지의 MSI marker 분석 및 ID 확인을 위한 2종류의 STR marker 동시 분석
4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
Paired tumor-normal sample에서의 MSI 분석

보유 장비

DNA Analyzer 3730/ Genetic Analyzer 3500/ GeneAmp PCR System 9700
Gene Mapper 5 / Gene Marker 2.7

최종 수정일 : 2019.08.16

Mycoplasma test

gDNA를 사용한 PCR-based test
60종 이상의 Mycoplasma, Acholeplasma, Spiroplasma, Ureaplasma detection 가능
Cell culture 과정에서 가장 많이 영향을 받는 Top 8 (M. arginini, M. fermentans, M. hominis, M. hyorhinis, M. orale, M. pirum, M. salivarium, and A. laidlawii) 포함