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유전체분석팀

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핵산추출 (DNA & RNA Extraction, QC)

유전정보를 지닌 다양한 생체 시료로부터 핵산을 추출

그림 설명 - 혈액(전혈,연막), 동결조직, 파라핀포매 조직, 액세생검 시료 등의 다양한 형태의 검체로부터 MagNAPure24 등의 자동화장비를 이용하여 핵산을 추출하고, Qiacube 등의 장비를 사용하여 RNA를 추출한 후에, BioAnalyzer를 통해 품질 확인을 함

DNA 분석 (DNA Analysis)

다양한 분자생물학적 기법을 사용하여 DNA로부터 mutation, SNP, MSI 등을 분석

그림 설명 - 추출된 DNA를 사용하여 MassArray system, 혹은 염기서열분석기를 통해 돌연변이를 분석하여 electropherogram(전기영동도) 등의 이미지 결과를 얻음

RNA 발현 분석 (RNA Profiling Analysis)

RNA로부터 유전자 발현 패턴을 분석

그림 설명 - 추출된 RNA를 사용하여 유전자발현패턴을 분석하는데, 일반적인 qPCR 뿐만 아니라 nCounter nanostring 장비를 활용하여 발현분석을 하고 heatmap과 같은 시각화자료를 생산함

STR analysis and Cell test

세포 혹은 환자 시료의 ID 확인 및 시료 간 오염 확인

그림 설명 - Short Tandem Repeat(짧은 연쇄 반복) 분석을 통해, 대조군 시료와 테스트 시료의 일치 여부를 확인하거나, 환자시료의 ID를 확인할 수 있는데, 마커별로 특정 사이즈에서 감지되는 피크를 통해 ID를 확인함

Project based support Quantitative Real time PCR Mycoplasma, Virus test Fragment Analysis (STR, MSI) DNA Sanger Sequencing Nucleic Acid Extraction, Quality Check

Nucleic Acid Extraction, Quality Check

Whole blood, Buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissue로부터 핵산(DNA/RNA) 추출

분석기기 : QIAcube / Maxwell 16 / MagNAPure 24
BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Tecan200 pro / Tissue Lyser II

DNA Sanger Sequencing

Sanger sequencing 기법으로 PCR / product, plasmid DNA 염기서열분석

분석기기 : DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 / GeneAmp PCR System 9700

Fragment Analysis (STR, MSI)

Sanger sequencing 기법으로 PCR / STR 분석을 통한 Sample Identification

- Human cell line → reference profile과 비교 가능 - Human Patient sample → 둘 이상의 sample에서 상호비교 - Mouse sample → 둘 이상의 sample에서 상호비교

5가지 MSI marker (BAT25,BAT26, NR-21,NR-24, MONO-27) 분석

분석기기 : DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 / GeneAmp PCR System 9700

Mycoplasma, Virus test

Mycoplasma detection / MHV virus, Sendai virus detection

분석기기 : QIAcube / Gel Electrophoresis / GeneAmp PCR System 9700

Quantitative Real time PCR

Gene expression analysis

분석기기 : Light Cycler 480 II, Light Cycler 96

Project based support

Gene expression, CNV analysis, Mutation detection, SNP analysis,

DNA methylation 등 유전체관련실험 지원 (실험상담 및 협의 후 진행가능 여부 결정)

분석기기 : Nanostring nCounter System / MassArray System
Quantstudio 7flex / GeneAmp PCR System 9700

연락처

담당자 : 황정아, hjungah@ncc.re.kr, 031-920-2562

  • Nucleic Acid Extraction
  • DNA Sanger Sequencing
  • Fragment
    Analysis
  • Mycoplasma,
    Virus test
  • Quantitative Real time PCR
  • Project based support

DNA Extraction/ QC

  • High quality genomic DNA extraction
    - whole blood, buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues
  • Magnetic bead-based automatic extraction
  • Obsorbance or fluorescence measurement
  • Automatic gel electrophoresis (cfDNA)

RNA Extraction/ QC

  • High quality total RNA extraction
    - fresh buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues
  • Column-based extraction
  • Obsorbance measurement, automatic gel electrophoresis

보유 장비

  • Extraction : Maxwell 16 / MagNAPure 24 / Qiacube
  • QC : BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Infinite 200 pro / Qubit 4 Fluorometer
  • Tissue Lysis : Tissue Lyser II/ Thermomixer C
  • Label : Brady label printer

최종 수정일 : 2019.08.16

DNA Sanger Sequencing

  • PCR Product sequencing
  • Plasmid DNA sequencing
    (Universal primer 제공:M13F, M13R, T3, T7, SP6)
  • Raw data / Alignment data 제공




보유 장비

  • DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500
  • Sequencing Analysis 6 / CLC Main workbench 7

최종 수정일 : 2019.08.16

Human STR(Short Tandem Repeat) Analysis

  • 9종류의 STR marker, 성별확인 marker 분석
  • 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
  • Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
  • Cell line의 경우 reference 비교 분석 및 unknown profile의 searching 분석






Mouse STR(Short Tandem Repeat) Analysis – In House Setting

  • 8종류의 mouse STR marker, 1종류의 human STR marker 분석
  • 5가지 형광을 tagging하여 multiplexing PCR primer set 개발
  • Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
  • 둘 이상의 sample에서의 일치성 확인 및 최초 reference 확립







MSI (Microsatellite Instability) Analysis

  • 5가지의 MSI marker 분석 및 ID 확인을 위한 2종류의 STR marker 동시 분석
  • 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
  • Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
  • Paired tumor-normal sample에서의 MSI 분석

보유 장비

  • DNA Analyzer 3730/ Genetic Analyzer 3500/ GeneAmp PCR System 9700
  • Gene Mapper 5 / Gene Marker 2.7

최종 수정일 : 2019.08.16

Mycoplasma test

  • gDNA를 사용한 PCR-based test
  • 60종 이상의 Mycoplasma, Acholeplasma, Spiroplasma, Ureaplasma detection 가능
  • Cell culture 과정에서 가장 많이 영향을 받는 Top 8 (M. arginini, M. fermentans, M. hominis, M. hyorhinis, M. orale, M. pirum, M. salivarium, and A. laidlawii) 포함


MHV virus, Sendai virus test

  • RNA를 사용한 RT-PCR-based test










보유 장비

  • GeneAmp PCR 9700/ Qiacube

최종 수정일 : 2019.08.16

Quantitative Real time PCR

  • 96 plate / 384 plate type의 real time PCR 분석
  • Relative quantification Analysis, Melting curve Analysis, HRM Analysis
  • Taqman Assay expression / genotyping 분석

보유 장비

  • LC480 II / LC96

최종 수정일 : 2019.08.16

Gene expression, CNV analysis

  • Hybridization 방식을 사용하여 gene expression 및 CNV 분석
  • 한 번에 800개의 target gene 분석
  • nSolver program으로 pathway 상에서의 발현 변화 분석
  • FFPE tissue를 사용한 분석에 유리

보유 장비

DNA methylation analysis, Mutation detection, SNP Analysis

  • MALDI-TOF 방식을 사용한 DNA fragment 분석 시스템
  • DNA methylation의 정량 분석
  • Multiplexing PCR을 통해 SNP 분석 및 mutation 분석

보유 장비

그 외 보유 장비

최종 수정일 : 2019.08.16

이용절차

이용상담- 이용상담,접수- 분석의뢰- 분석 시료 접수,시료검수- 분석의뢰번호 부여,분석진행,분석완료- 분석결과 정리- 분석확인서 전달,결과토의- 청구서 발행(1회/월)

문의

  • 황정아   031-920-2562   hjungah@ncc.re.kr

최종 수정일 : 2019.08.16