분자유전 및 유전체분석기술을 이용한 유전체 분야의 실험 및 분석 지원
- 최상의 핵산(DNA, RNA) 추출
- DNA Sequencing (Sanger Sequencing)
- Gene Expression, CNV Analysis, Mutation detection, SNP Analysis,
DNA Methylation Analysis 등의 Project 기반 연구지원 - STR 분석을 통한 ID 확인
- MSI 분석
- Cell test(mycoplasma, MHV virus, Sendai virus detection)
최종 수정일 : 2019.08.16
연구지원 안내
| 연구지원 내역 | 소개 | 분석기기 |
|---|---|---|
| · Whole blood, Buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissue로부터 핵산 (DNA/RNA) 추출 |
· QIAcube / Maxwell 16 / MagNAPure 24 · BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Tecan200 pro · Tissue Lyser II |
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| · Sanger sequencing 기법으로 PCR product, plasmid DNA 염기서열분석 |
· DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 · GeneAmp PCR System 9700 |
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| · STR 분석을 통한 Sample Identification - Human cell line => reference profile과 비교 가능 - Human Patient sample => 둘 이상의 sample에서 상호비교 - Mouse sample => 둘 이상의 sample에서 상호비교 · 5가지 MSI marker (BAT25,BAT26, NR-21, NR-24,MONO-27) 분석 |
· DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500 · GeneAmp PCR System 9700 |
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| · Mycoplasma detection · MHV virus, Sendai virus detection |
· QIAcube · Gel Electrophoresis · GeneAmp PCR System 9700 |
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| · Gene expression analysis | · LightCycler 480 II, Light Cycler 96 | |
| · Gene expression, CNV analysis, Mutation detection, SNP analysis, DNA methylation 등 유전체관련실험 지원 (실험상담 및 협의 후 진행가능 여부 결정) |
· Nanostring nCounter System · MassArray System · Quantstudio 7flex · GeneAmp PCR System 9700 |
최종 수정일 : 2019.08.16
- Nucleic Acid Extraction
- DNA Sanger Sequencing
- Fragment
Analysis - Mycoplasma,
Virus test - Quantitative Real time PCR
- Project based support
DNA Extraction/ QC
- High quality genomic DNA extraction
- whole blood, buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues - Magnetic bead-based automatic extraction
- Obsorbance or fluorescence measurement
- Automatic gel electrophoresis (cfDNA)
RNA Extraction/ QC
- High quality total RNA extraction
- fresh buffy coat, cultured cell, frozen tissue, FFPE tissues - Column-based extraction
- Obsorbance measurement, automatic gel electrophoresis
보유 장비
- Extraction : Maxwell 16 / MagNAPure 24 / Qiacube
- QC : BioAnalyzer 2100 / ND8000/ Infinite 200 pro / Qubit 4 Fluorometer
- Tissue Lysis : Tissue Lyser II/ Thermomixer C
- Label : Brady label printer
최종 수정일 : 2019.08.16
DNA Sanger Sequencing
- PCR Product sequencing
- Plasmid DNA sequencing
(Universal primer 제공:M13F, M13R, T3, T7, SP6) - Raw data / Alignment data 제공
보유 장비
- DNA Analyzer 3730 / Genetic Analyzer 3500
- Sequencing Analysis 6 / CLC Main workbench 7
최종 수정일 : 2019.08.16
Human STR(Short Tandem Repeat) Analysis
- 9종류의 STR marker, 성별확인 marker 분석
- 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
- Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
- Cell line의 경우 reference 비교 분석 및 unknown profile의 searching 분석
Mouse STR(Short Tandem Repeat) Analysis – In House Setting
- 8종류의 mouse STR marker, 1종류의 human STR marker 분석
- 5가지 형광을 tagging하여 multiplexing PCR primer set 개발
- Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
- 둘 이상의 sample에서의 일치성 확인 및 최초 reference 확립
MSI (Microsatellite Instability) Analysis
- 5가지의 MSI marker 분석 및 ID 확인을 위한 2종류의 STR marker 동시 분석
- 4가지 형광을 tagging하여 Multiplexing PCR을 통해 DNA fragment 생성
- Automatic Capillary Electrophoresis를 통해 fragment 분별하여 size 분석
- Paired tumor-normal sample에서의 MSI 분석
보유 장비
- DNA Analyzer 3730/ Genetic Analyzer 3500/ GeneAmp PCR System 9700
- Gene Mapper 5 / Gene Marker 2.7
최종 수정일 : 2019.08.16
Mycoplasma test
- gDNA를 사용한 PCR-based test
- 60종 이상의 Mycoplasma, Acholeplasma, Spiroplasma, Ureaplasma detection 가능
- Cell culture 과정에서 가장 많이 영향을 받는 Top 8 (M. arginini, M. fermentans, M. hominis, M. hyorhinis, M. orale, M. pirum, M. salivarium, and A. laidlawii) 포함
MHV virus, Sendai virus test
- RNA를 사용한 RT-PCR-based test
보유 장비
- GeneAmp PCR 9700/ Qiacube
최종 수정일 : 2019.08.16
Quantitative Real time PCR
- 96 plate / 384 plate type의 real time PCR 분석
- Relative quantification Analysis, Melting curve Analysis, HRM Analysis
- Taqman Assay expression / genotyping 분석
보유 장비
- LC480 II / LC96
최종 수정일 : 2019.08.16
Gene expression, CNV analysis
- Hybridization 방식을 사용하여 gene expression 및 CNV 분석
- 한 번에 800개의 target gene 분석
- nSolver program으로 pathway 상에서의 발현 변화 분석
- FFPE tissue를 사용한 분석에 유리
보유 장비
DNA methylation analysis, Mutation detection, SNP Analysis
- MALDI-TOF 방식을 사용한 DNA fragment 분석 시스템
- DNA methylation의 정량 분석
- Multiplexing PCR을 통해 SNP 분석 및 mutation 분석
보유 장비
그 외 보유 장비
최종 수정일 : 2019.08.16
이용절차
문의
- 황정아 031-920-2562 hjungah@ncc.re.kr
최종 수정일 : 2019.08.16
