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생물정보분석팀

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임무 및 기능

국립암센터의 생물정보분식팀은 생물정보학 분석 기법을 기반으로 암종의 오믹스 데이터에 대한 다양한 레벨의 분석을 지원하여 임상학적 의미를 심도있게 도출할 수 있도록 디자인 및 분석을 지원한다. 국립암센터의 정밀 의학 실현을 위해 시퀀싱 데이터 분석을 제공하고, 암 빅데이터의 효율적인 통합 관리 시스템을 구축, 운영한다. 또한 국립암센터의 암 임상, 연구자가 데이터 분석을 할 수 있는 분석용 공동 컴퓨팅 자원을 관리, 제공하는 서비스를 지원한다

최종 수정일 : 2019.08.16

연구지원 안내

생물정보분식팀 연구지원 안내
연구지원 내역 소개 분석기기
· 시퀀싱 데이터의 종류에 따른 최적화된 소프트웨어를
  활용한 분석 서비스 지원
· 각종 분석 소프트웨어
· 국립암센터의 암종별 정밀 의료 실현을 위한 표준 분석
  파이프라인 구축 및 Actionable Target Genes을 포함
  하는 임상 분석 결과 리포팅 양식 개발, 지원
· 분석 시스템, 스토리지 지원
· 기관고유연구사업을 통해 수행되는 모든 시험분석결과
  데이터를 보관하는 보관 서비스 지원
· 스토리지 지원
· NGS 데이터 등의 오믹스 데이터를 분석할 수 있도록
  분석용 컴퓨팅 시스템을 운영, 지원
· 분석 시스템, 스토리지 지원

최종 수정일 : 2019.08.16

  • 시퀀싱데이터 분석지원
  • 정밀의료 분석지원
    시험분석결과 데이터 보관 관리
    분석용 컴퓨팅 스템 운영 및대여 서비스 지원

시퀀싱 데이터 분석 지원

시퀀싱 데이터 분석 지원
분석서비스 플랫폼 서비스 내역 산출 결과 결과 양식
Somatic mutation WES Align(BWA)→Postprocessing(GATK,Picard)
→Call(MuTect2)→Annotation(Oncotator)
Mutation list
Result stats plot
vcf
pdf
WGS Align(BWA)→Postprocessing(GATK,Picard)
→Call(MuTect2)→Annotation(Oncotator)
Mutation list
Result stats plot
vcf
pdf
Copy number
variation
WES Align(BWA)→Postprocessing(GATK,Picard)
→Call(Sequenza)
CNV list
CNV chart
txt
pdf
WGS Align(BWA)→Postprocessing(GATK,Picard)
→Call(Sequenza)
CNV list
CNV chart
txt
pdf
Structure variation WGS Align(BWA)→Postprocessing(GATK,Picard)
→Call(Delly2)
SV list
Circos plot
vcf
png
Gene Expression RNA-Seq Align(STAR)→Quantification(RSEM) Expression matrix
Heatmap plot
xlsx
png
Gene fusion RNA-Seq Gene fusion detection((PRADA) fusion gene list txt

※ Illumina 장비에서 생성되는 시쿼싱 데이터 분석을 기본으로 서비스 한다.
※ 모든 분석은 서비스 내역에 적시된 소프트웨어를 기본으로 하고, 해당 소프트웨어는 기본 셋팅 값으로 분석이 진행된다.
    분석 소프트웨어 변경 및 기본 셋팅 변경시 추가 비용이 발생하며, 추가 비용은 연구자와 생물정보분석팀과의
    협의를 통해 결정된다.
    - 협의사항 : 소프트웨어 설치 가능 여부와 하드웨어 리소스 사용 여부 등을 판단

최종 수정일 : 2019.08.16

정밀의료 분석 지원

시험분석결과 보관서비스

연구자-업체분석의뢰->연구자-물품수령->연구자-대금결제(전자계산서 등)->연구자-연구지 지급신청->기관고유사업-생물정보분석팀(담당:이종근),그외사업-결과분석리포트(업체발행)-결과증빙->연구지원팀-협의->재무회계팀-지출

분석용 컴퓨팅 시스템 운영 및 대여 서비스 지원

최종 수정일 : 2019.08.16